В спортивной биографии Агафонова — призовые места на Russian Touring Car Championship (RTCC, класс Национальный) и кубке Лада Калина, многочисленные победы на чемпионатах по картингу. С 2009 года Андрей Агафонов является неизменным участником VLN Nurburgring (Германия) — чемпионата по кольцевым автогонкам. Чемпионат проходит на одной из самых длинных и сложных гоночных трасс в мире, некогда прославившей Михаэля Шумахера, Фернандо Алонсо и Марка Уэббера. Ежегодно знаменитые «гонки на выносливость» объединяют до 50 тысяч зрителей и многомиллионную телевизионную аудиторию. 2010 год принес гонщику первое место чемпионата (класс V6, BMW M3) и включение в топ-15 лучших российских гонщиков по версии журнала «Автоспорт».